Il fallito attacco alla Sardegna
Alla fine del 1792 ritorna in Corsica, non ha potuto prendere parte alla vittoria francese di Valmy. Paoli lo ignora, si vocifera che abbia preso nuovi contatti con gli Inglesi. Quando finalmente lo riceve a Corte, rifiuta di affidargli un comando nei battaglioni corsi. Accanto al generale c'è Pozzo di Borgo, un tenente colonnello dei Volontari che ha scelto al posto suo.
E Pozzo di Borgo è proprio il «
sottile intermediario di una alleanza con l'Inghilterra». Finalmente capisce che Paoli ha in testa altri progetti. Anche il giovane fratello Luciano lo avverte: «
Il re d'Inghilterra ha pagato Paoli per anni e lui continua a essere al suo soldo». Napoleone decide allora di assumere il ruolo di capo della fazione nazionalista francese in Corsica, contando sul sostegno dei suoi volontari della Guardia.
All'improvviso nella sua casa di Ajaccio ricevette la visita del giovane contrammiraglio Laurent Truguet, un aristocratico da subito patriota repubblicano, al comando della flotta del Mediterraneo radunata in porto per attaccare la Sardegna.
A bordo ci sono volontari marsigliesi, rissosi ma poco solidi. Napoleone raggiunge il suo Battaglione a Bonifacio, esige che i suoi indossino alla perfezione le divise della Guardia e che osservino una rigida disciplina.
È pronto ad assaltare le isole della Maddalena per creare un diversivo rispetto al vero obiettivo, la conquista della vicina Isola di Sardegna per strapparla alle mire navali inglesi. Truguet è un valido marinaio, ha preso parte alle battaglie della flotta francese in America e nei Caraibi, al comando di fregate che hanno dato filo da torcere agli Inglesi. Napoleone sbarca nell'Isola di Santo Stefano e dispone subito la sua unica batteria, con due cannoni e un mortaio, iniziando il bombardamento di La Maddalena.
La piccola flottiglia d'appoggio è comandata da Colonna Cesari, un uomo di Paoli che da lui ha ricevuto l'ordine di «
non infierire sui fratelli sardi».
L'attacco fallì per il tempestivo intervento di due grosse mezze galere sarde, al comando di due valorosi marinai sardi, Vittorio Porcile e Domenico Millelire, che aprirono un fuoco intenso su Santo Stefano.
Sulla costa della Sardegna era frattanto accorso il Battaglione miliziano della Gallura, pronto a respingere lo sbarco. Anche le batterie di La Maddalena avevano preso a battere pesantemente la flottiglia francese, spingendo soldati e marinai ad ammutinarsi e costringendo Colonna Cesari a ordinare il reimbarco anche a Napoleone. Il quale a bordo reagì violentemente contro il suo comandante per la ritirata, rischiando che questi, preso dall'ira, lo facesse impiccare sull'albero maestro della sua nave.
Non aveva avuto migliore sorte l'attacco di Truguet nel sud isolano. Dopo un primo bombardamento su Cagliari, la flotta si era diretta verso le isole di San Pietro e Sant'Antioco, lasciandovi un presidio di quattrocento soldati.
Però non osarono tentare lo sbarco nel Golfo di Palmas, presidiato da forti battaglioni della Milizia sarda. A Carloforte trovarono invece una buona accoglienza e tra le feste della popolazione eressero un "albero della libertà" tra canti e balli.
Abbandonata l'isola dai Francesi, la rappresaglia dei Sardi fu durissima: vi fu sbarcato un battaglione miliziano della Barbagia, che si abbandonò a violenze con selvaggia brutalità, uccidendo senza pietà i "colpevoli".
Truguet, dopo un più violento bombardamento sulla capitale, riuscì invece a far sbarcare le truppe nel Golfo degli Angeli, tra la spiaggia del Margine Rosso e gli acquitrini delle Saline di Cagliari. Ma furono accolti da un nutrito fuoco di fucileria dei miliziani sardi, più organizzati militarmente e più decisi rispetto agli inesperti volontari marsigliesi. Fu una vera catastrofe per i Francesi: dopo il loro reimbarco furono trovati tra la spiaggia del Margine Rosso e quella del Poetto molte decine di cadaveri, tra questi anche i corpi di donne-soldato marsigliesi.
Napoleone, tornato in Corsica, apprese che Paoli era stato messo sotto inchiesta dalla Convenzione con l'ordine di arrestarlo insieme a Pozzo di Borgo, per iniziativa dei giacobini.
La Corsica si ribellò ancora: soltanto Bastia, Calvi e Saint-Florent rimasero fedeli alla Francia. Napoleone fu arrestato a Bocognano da un gruppo di Corsi per essere processato a Corte. Per sua fortuna, alcuni pastori lo fecero evadere durante la notte.